Né à Nisibe en Mésopotamie, actuelle Turquie, il se convertit au christianisme à l'âge de 18 ans.
Ordonné diacre par la suite, il fonde une école théologique à Nisibe (actuelle Turquie). Lors de l'invasion perse, il se réfugia à Edesse (actuelle Turquie) dans l'empire romain avec ses élèves. Cette école est importante pour l'histoire du christianisme de langue syriaque. On l'appelle l'école théologique d'Edesse.
Grand défenseur de la doctrine du Christ et de la Trinité, Saint Ephrem composa de nombreuses œuvres : commentaires de la Bible, poèmes, qui remplacèrent les chants hérétiques populaires.
Il mourut de la peste alors qu'il prodiguait des soins spirituels aux malades.
Saint Ephrem est considéré comme l'un des plus grands poètes de la langue syriaque. Il est fêté le 9 juin.
2Ti 4, 1-8
Fils bien-aimé, je t'adjure devant Dieu et le Christ Jésus, qui doit juger les vivants et les morts, au nom de son avènement et de son règne : prêche la parole, insiste à temps et à contre-temps ; réfute, menace, exhorte avec beaucoup de patience et le souci d'instruire. Car un temps viendra où les hommes ne supporteront plus la saine doctrine ; mais, au gré de leurs passions, ils collectionneront les maîtres, pour satisfaire leur démangeaison d'entendre. Ils détourneront leurs oreilles de la vérité pour se tourner vers les fables. Mais toi, reste toujours sur tes gardes, supporte l'épreuve, travaille à répandre l'Évangile, accomplis avec fidélité ton service. Pour moi, je suis déjà offert en sacrifice, et le moment de mon départ approche. J'ai combattu le bon combat ; j'ai achevé la course ; j'ai maintenu la foi. A présent la couronne des justes est préparée pour moi ; le Seigneur me la donnera en ce grand jour, lui, le juste Juge, et non seulement à moi, mais à tous ceux qui auront attendu avec amour son Avènement.